Análisis comparativo de la región ITS del ADN de diferentes cepas de hongos comestibles silvestres del género Agaricus, procedentes de diversas regiones de México

Abstract

En la actualidad el hongo comestible que indudablemente es el más cultivado es A. bisporus (J.E. Lange) Pilát. Hoy en día es solicitado en diversas partes del mundo para ser cultivado, pero a pesar de la gran demanda que tiene este hongo, éste no puede ser cultivado en zonas cálidas y tropicales. No obstante, existen más de 200 especies del género Agaricus, las cuales crecen en diversas partes del mundo y poseen características, como: la resistencia a ciertas enfermedades y el poder fructificar a temperaturas mayores que A. bisporus. Por lo que desde 1990 se conformó el proyecto Agaricus, el cual tiene el propósito de recolectar, aislar y preservar el germoplasma silvestre, el cual podría ser usado para mejoras genéticas. En el Colegio de Posgraduados han recolectado ejemplares silvestres de diversas regiones de México, estas cepas ya han sido caracterizadas tentativamente con base a rasgos morfológicos del cuerpo fructífero y evaluadas en el mismo substrato que A. bisporus, demostrando tener potencial para su cultivo. Ahora en este estudio se ha empezado a evaluar parte de estas cepas con las nuevas herramientas moleculares, empleado el ADN y aplicando métodos para conocer las distancias genéticas entre las cepas, para en un futuro proponer la formación de híbridos para realizar mejoras genéticas entre ellas y con A. bisporus por medio de las nuevas técnicas de transformación genética. En este estudio se seleccionaron cepas silvestres identificadas tentativamente pertenecientes a 5 especies: CP-54 A. campestris. CP-43,128 y 130 A bitorquis, CP-125 y 83 A osecams, C.P- 123 A. subrufescens, C.P-138 A. abruptibulbus y 2 sp. Estas cepas se le aplicó un primer nivel de análisis, en el cual se buscaron las secuencias de las 5 especies más similares a cada una de ellas en la base de datos internacional EBI, además de aplicarles un segundo nivel de análisis, en el cual se compararon las cepas de estudio con cepas que ya habían sido empleadas en estudios filogenéticos moleculares por expertos en el género Agaricus. Para conocer la distancia genética existente entre ellas, se extrajo el ADN el cual fue amplificado en la región ITS del ADNr nuclear. A las secuencias obtenidas se les aplicó el modelo de sustitución de nucleótidos de Tajima-nei y el método agrupación de Neighbor-Jaining, el cual generó dendrogramas. En el dendrograma del primer nivel de análisis se conformaron 2 grandes grupos, en el grupo I se agruparon especies pertenecientes a 2 secciones del género Agaricus, las cuales fueron de la sección Duploannulatae y la sección Xanthodermatei, quedando 4 de las cepas de estudio en este grupo, esta agrupación resulto peculiar ya que no coincide con algunas clasificaciones tradicionales morfológicas igual forma la sección Arvenses también presente en este estudio y Xhanthodermatei son de la misma sección, sin embargo, quedaron separadas. No obstante a esta distancia entre estas secciones Xhantodermatei y Duploannulatae ya se han reportado en los nuevos estudios moleculares. En el grupo II del primer nivel de análisis se congregaron especies provenientes de la base de datos pertenecientes a la sección Arvenses, y las cepas de estudio 54, 83, 89, 125, 128 y 130, por la que se sugiere que estas cepas sean de dicha sección. En el segundo nivel de análisis las cepas de estudio se anexaron en diversos grupos los cuales pertenecían a diversas secciones las cuales formaron clados en estudios previos, anexándose las cepas 54, 83, 89, 125, 128 y 130 a la sección Arvenses, la cepa 43 a la sección Duplonnulatae y las cepas 123, 138 y 237 a la sección Xhanthodermatei, confirmando con estos resultados los resultados del primer nivel de análisis. Con este segundo nivel de análisis se pudo observar que probablemente las cepas 123 y 138 sean una nueva especie de la sección Xhanthodermatei, ya que formaron un grupo separado de las otras cepas de este grupo, de igual forma las cepas 54 y 83 pude que sean una nueva especie ya que no se agruparon con cepas conocidas de la sección Arvenses, no obstante también se tendrá que analizar a las cepas 89, 128 y 130 ya que probablemente debido a la distancia con otras cepas de la sección Arvenses pude ser que estas también sean otras nuevas especies o al menos cepas que no estaban presentes sus secuencias en la base de datos internacional EBI. Con estos métodos además de conocer las distancias genéticas entre las cepas de estudio con otras cepas de la base de datos también nos ayudo a corroborar su identidad como en el caso de A. bitorquis CP-43 y la CP. 237, en otros casos como las CP-83, CP-89, oriento al grupo o sección al que pueden pertenecer, de igual forma con otras cepa este estudio nos ayudo a modificar su determinación previa como es el caso de la CP-138, CP-130, CP-128, CP-123, CP-54.